Фамилия Бонафеде — итальянская, и её разумнее разбирать в контексте итальянской, а не русской ономастики, хотя в России она тоже встречается, обычно у потомков выходцев из Италии. Она составная: «bona» (добрая, хорошая) и «fede» (вера). Буквально — «добрая вера» или «хорошая вера». Это так называемая «говорящая» фамилия, образованная от благочестивого прозвища или личного имени, которое давали в честь христианской добродетели. В Италии такие фамилии (Bonafede, Bonafé, Bona fede) фиксируются с XIII–XIV веков, особенно в Тоскане и на Сицилии.

Модель образования проста: слияние двух слов в одно без суффикса. В итальянской традиции это типично для фамилий-пожеланий или фамилий-характеристик (сравните Bellavista — «красивый вид», Buonfiglio — «хороший сын»). Носитель фамилии Бонафеде мог получить её как прозвище за честность, набожность или как имя при крещении — в честь святого или праздника. В России фамилия практически не адаптировалась грамматически: её не склоняют по правилам русских фамилий (не добавляют окончаний -ов/-ев), и она осталась в исходной итальянской форме.

Географически фамилия Бонафеде в Италии чаще всего встречается в области Марке, а также в Лацио и на Сицилии. В России носители Бонафеде — это, как правило, потомки итальянских архитекторов, художников или купцов, работавших в империи в XVIII–XIX веках. Например, в Петербурге и Москве осели итальянские мастера, строившие дворцы и театры. Отдельного упоминания заслуживает то, что в итальянских архивах встречается вариант написания «Bonafede» — это не ошибка, а историческая вариация, связанная с диалектным произношением. В русских документах фамилию могли записывать на слух, отсюда возможны искажения вроде «Бонафедес», но основной корень остаётся неизменным.