Фамилия Бондеренко — яркий пример украинской фамилии, образованной по продуктивной модели с суффиксом -енко. Этот суффикс в украинской ономастике означает «маленький», «сын» или «потомок». То есть Бондаренко (а Бондеренко — это его фонетический или диалектный вариант) — это «сын бондаря», то есть ремесленника, который изготавливал бочки, кадки и другую деревянную посуду. Профессия бондаря была одной из самых востребованных в доиндустриальной Европе: без бочек невозможно было хранить и перевозить зерно, соль, вино, мёд, соленья. Поэтому фамилия Бондаренко — одна из самых распространённых на Украине, а её вариант Бондеренко встречается реже, но также имеет право на существование.

Разница между Бондаренко и Бондеренко кроется в диалектном произношении. В некоторых украинских говорах, особенно в южных и восточных регионах, звук [а] после мягкого [н] мог редуцироваться или переходить в более неясный звук, близкий к [э]. На письме это закрепилось как «Бондеренко». С точки зрения словообразования никакой разницы нет: обе фамилии восходят к одному корню «бондарь» и суффиксу -енко. В русском языке, куда фамилия попала вместе с миграцией украинского населения, вариант Бондеренко мог возникнуть и из-за аканья или просто как ошибка писаря при записи на слух.

Социальная история фамилии типична для украинских фамилий на -енко. В XVII–XIX веках такие фамилии были распространены в основном среди казачества, крестьян и мещан. Бондаренко (и его вариант Бондеренко) не указывает на дворянское происхождение — это фамилия-профессия, которую носили потомки ремесленников. В ревизских сказках и метрических книгах XIX века такие фамилии встречаются массово, и по ним невозможно определить сословие: бондарями могли быть и зажиточные казаки, и бедные крепостные. Единственное, что можно сказать наверняка: предок носителя фамилии Бондеренко был мастером по дереву.

Сравнение с однокоренными фамилиями показывает, что Бондеренко стоит в одном ряду с Бондаренко, Бондаревым, Бондарчуком, Бондарем. Все они образованы от одного корня, но разными способами: Бондарев — русский патроним с суффиксом -ев, Бондарчук — украинский патроним с суффиксом -чук (распространён на западе Украины), а Бондарь — это просто прозвище или фамилия без суффикса. Бондеренко — южный или восточный вариант, который иногда считают просто орфографической ошибкой, но в реальности это зафиксированный диалектный вариант, который имеет право на самостоятельное существование.