Фамилия Бонгурев — редкая, и её происхождение ведёт к географическому названию. Скорее всего, родоначальник Бонгуревых был выходцем из местечка Бунгур в Македонии: оттуда и пошла фамилия, которую принесли в Болгарию. Разобраться помогает суффикс -ев: он типичен для болгарских фамилий, образованных от названий мест, и указывает на принадлежность («из Бунгура»). Так что прозвище «Бонгурев» (или «Бунгурев») дали человеку, который переселился из этого села.

Менее вероятная, но любопытная версия связывает фамилию с селом Бунгур в Новокузнецком районе Кемеровской области. Оно было основано казаками и служилыми людьми в 1625 году и первоначально официально называлось Бунгурское. Если принять эту гипотезу, основатель рода мог быть казаком, который позже перебрался в Болгарию. Однако такой путь — из Сибири на Балканы — выглядит менее естественным, чем переселение внутри одного региона. Разные написания фамилии (с буквой «о» или «у» в корне) могли возникнуть из-за местных говоров или ошибок при записи: в болгарских диалектах звуки могли смешиваться, а при переносе в русские документы — искажаться. Поэтому основная и самая надёжная версия — македонский топоним.