Фамилия Бонковские (в мужском роде — Бонковский) — типичный пример фамилии-топонима, то есть образованной от названия места. Основа — польский географический объект Бонково (Bąkowo). В Польше несколько деревень и сельских округов с таким именем, например, в гмине Выжиск (Великопольское воеводство) и гмине Варлюбе (Поморское воеводство). Предок, носивший прозвище Бонковский, скорее всего, был выходцем из одного из этих сел или владел там землей.

Окончание -ский указывает на шляхетский или, как минимум, землевладельческий способ образования фамилий в Речи Посполитой. В отличие от простых крестьянских фамилий на -ович/-евич, модель на -ский изначально закреплялась за дворянством, которое брало имя по названию своего поместья. Поэтому фамилия Бонковский — это не просто указание на место жительства, а маркер социального статуса: предки, вероятно, принадлежали к мелкой или средней шляхте, владевшей фольварком Бонково.

Сам топоним Бонково восходит к польскому прилагательному bąkowy — «относящийся к слепню, оводу» (польск. bąk). Название могло отражать особенности местности: болотистый край, где водилось много этих насекомых, или же быть прозвищным именем первого поселенца. В любом случае, фамилия Бонковские — живой памятник польской ономастики, сохранивший связь с конкретным ландшафтом и социальной историей XVI–XVII веков.