Фамилия Бономанко — один из тех случаев, когда славянская форма скрывает за собой явно нерусское, а точнее — французское, происхождение. В основе лежит французское выражение bon homme — «добрый человек». На русскую почву это попало, скорее всего, через польское или украинское посредничество, где подобные прозвища-комплименты были нередки.

Ключ к разгадке — суффикс -енко. Типичный для украинских фамилий, он означает «сын» или «потомок». Таким образом, Бономанко — это не просто «добрый человек», а «сын доброго человека» или «потомок того, кого прозвали Бономан». Сама фамилия Бономан (от французского bonhomme) в Украине и Беларуси фиксировалась, а затем обросла типичным патронимическим суффиксом.

Вероятнее всего, прозвище Бономан дали либо человеку с мягким, покладистым характером, либо (по иронии) тому, кто пытался казаться слишком добрым. В дворянской среде так могли прозвать гувернёра-француза или слугу, вывезенного из Европы. Однако, учитывая украинский суффикс, носитель фамилии был, скорее, крестьянином или казаком, которому односельчане дали такое прозвище за нрав или за внешнее сходство с «французиком» (например, за манеру одеваться или бриться).

Фамилия редкая и географически привязана к западноукраинским землям, входившим в состав Австро-Венгрии и Польши. Там французские заимствования в прозвищах встречались чаще, чем в центральной России. В современном русском языке фамилия почти не встречается, что делает её ярким маркером конкретного региона и исторического слоя.