Фамилия Бономарская — редкий случай, когда в основе лежит не русское, а французское слово, и при этом сама фамилия имеет женскую форму. Мужской вариант — Бономарский. Встречается она крайне редко, и её происхождение стоит разбирать через призму дворянской или купеческой истории XIX века.

Ключ к разгадке — основа «Бономар». Это явная калька или транслитерация французского Bonhomme или Bon Marché. Bonhomme (буквально «добрый человек») могло быть прозвищем или частью фамилии французского происхождения. Однако для России более вероятна связь с нарицательным «бонмарше» — так в XIX веке называли магазины готового платья или модные лавки, от французского Bon Marché («хорошая покупка», «дешёвый»). Владелец такого заведения или его приказчик мог получить прозвище Бономар, которое затем закрепилось как фамилия.

Суффикс -ск- указывает на два возможных пути образования. Первый — типично польский или западнорусский (шляхетский) способ: от названия имения или местечка. Если бы существовало село Бономары или Бономарск (что маловероятно, но не исключено для западных губерний), фамилия означала бы «выходец оттуда». Второй вариант — искусственное образование в среде духовенства или, что вероятнее, у обрусевших иностранцев. Семинаристам часто давали фамилии от латинских или греческих слов, но французский корень здесь выбивается — это скорее светская линия.

Самый правдоподобный сценарий: предок носителя фамилии был либо выходцем из Франции (гувернёр, офицер, ремесленник), либо русским, получившим прозвище за связь с модной торговлей. Окончание -ая в женском варианте — стандартная русификация: жена или дочь Бономарского. Учитывая редкость, фамилия могла принадлежать одной семье, расселившейся по России, и не образовывать обширного гнезда. В современных справочниках (например, в работах В. А. Никонова по географии фамилий) Бономарские не фигурируют как массовое явление, что подтверждает их штучный, почти единичный характер.