Фамилия Бонцаенко — один из примеров того, как украинская словообразовательная модель накладывается на основу, которая звучит не по-славянски. В ней сразу заметен суффикс -енко, типичный для восточной Украины и означающий «маленький», «сын» или «потомок» (Бонцаенко = маленький Бонца, сын Бонцы). А вот корень «Бонц-» — загадка.

Самая вероятная версия: в основе лежит итальянская или греческая фамилия Бонца (Bonza) или прозвище Бонца. В Одессе и причерноморских портах в XIX веке было много греческих и итальянских купцов, матросов, ремесленников. Местные украинцы могли «перекроить» чужое имя на свой лад, добавив уменьшительный суффикс. Прозвище Бонца могло закрепиться за самим иностранцем или за его русскоязычным работником, который жил при хозяине. Значение итальянского bonza — «шутка», «шалость», но в южных говорах так могли называть и бойкого, веселого человека.

Вторая версия, менее убедительная, связывает корень с диалектным глаголом «бончать» (ныть, канючить) или «бонза» (важный чиновник, из восточных языков). Но тогда фамилия звучала бы как Бончаенко, а тут твердое «ц», что указывает именно на заимствованное слово.

Географически фамилия тяготеет к югу Украины — Николаевская, Одесская области. В центральных и северных регионах она почти не встречается. Это косвенно подтверждает «портовую» версию происхождения: предки Бонцаенко жили там, где смешивались языки и национальности. Социальный состав — скорее всего, мещане или казацкие семьи, которые перенимали прозвища от пришлых людей.

Других фамилий с таким же редким корнем «Бонц-» в украинском ономастиконе практически нет, что делает Бонцаенко уникальным случаем: фамилия-одиночка, возникшая на стыке культур, а не от распространенного имени или профессии.