Фамилия Бопхоев — редкий случай, когда происхождение почти не вызывает споров среди ономастов, но при этом требует отдельного комментария по географии. Основной корень здесь — бурятское или монгольское имя Бопхой. В монгольских языках «бопхой» (или «бөөхэй») имеет значение «закутанный», «спелёнутый», «завёрнутый в тряпки». В переносном смысле так могли назвать младенца, родившегося слабым или в «рубашке» — в околоплодном пузыре. У бурят и калмыков было распространено давать детям «отпугивающие» или «обережные» имена, чтобы отвести злых духов: имя, означающее нечто маленькое и беспомощное, должно было сделать ребёнка незаметным для болезней.

Суффикс -ев указывает на русскую модель образования фамилии от основы на мягкий согласный или на йот. В данном случае прибавление -ев к основе Бопхой дало Бопхоев. Это типичный пример того, как бурятские родовые имена адаптировались в русской делопроизводственной традиции XIX века, когда представителей коренных народов Сибири и Забайкалья начали массово записывать по патронимическому принципу. Фамилия не могла возникнуть как прозвище по профессии или внешности русского крестьянина — корень «бопх» отсутствует в славянских языках.

Географически фамилия Бопхоев почти полностью привязана к Бурятии, Иркутской области и Забайкальскому краю. Встречается она нечасто: по данным открытых телефонных справочников, носителей насчитывается не более нескольких сотен человек. Это подтверждает версию о происхождении от конкретного родоначальника по имени Бопхой, а не от массового прозвища. В отличие от фамилий на -ов, которые в русской среде могли возникать от названий птиц или ремёсел, здесь мы имеем дело с прямой фиксацией личного имени предка.

Любопытно, что в бурятской среде сохранились и другие варианты написания: Бопхоев, Бопхоев — с разным ударением, но корень остаётся тем же. Если сравнивать с однокоренными фамилиями вроде Бопхонов или Бопхонов, то видно, что все они восходят к одному антропонимическому гнезду, но различаются суффиксами, которые могли указывать на принадлежность к разным родам или ветвям. Таким образом, для носителя фамилии Бопхоев самая достоверная версия — это «сын Бопхоя», а сам Бопхой был человеком, чьё имя, вероятно, дали ему при рождении как оберег.