Фамилия Бораганова — женская форма фамилии Бораганов, и её происхождение почти наверняка ведёт к тюркским корням. Основой послужило мужское личное имя или прозвище Бораган. В тюркских языках, особенно в карачаево-балкарском, ногайском или кумыкском, слово «бораган» (или близкое «бураган») означает «буран», «сильная метель», «вихрь». Такое прозвище могли дать человеку стремительному, неспокойному, возможно, обладающему взрывным характером — по аналогии с природной стихией.

Суффикс -ов(а) в этой фамилии — классический русский патронимический формант, который в XVI–XIX веках активно присоединялся к тюркским основам при оформлении фамилий у народов Северного Кавказа и Поволжья. Это указывает на то, что предки носителей фамилии, скорее всего, жили в зоне активного русско-тюркского культурного и административного взаимодействия: на Тереке, в Дагестане, в Астраханской губернии или в степях Ставрополья.

Интересная деталь: фамилия Бораганов (и Бораганова) довольно редкая и имеет локальный ареал. Она встречается прежде всего у балкарцев, карачаевцев и кумыков, а также у терских казаков, в чьих семьях были браки с горянками. В отличие от массовых фамилий вроде Кузнецов или Иванов, Бораганова несёт яркую этническую окраску и почти не встречается за пределами Северного Кавказа — это верный признак того, что её носители происходят из определённой родовой группы.

Встречается и вариант написания с одной «н» — Бораганова, но он ещё реже. В любом случае, этимологически фамилия прозрачна: она образована от прозвища, данного по сильной, заметной черте характера или внешности, и закрепилась за родом в период массового присвоения фамилий на Кавказе в середине XIX — начале XX века.