Фамилия Бордюченко — яркий пример украинской модели образования фамилий на -енко, что в переводе означает «маленький» или «потомок». Буквально Бордюченко — это «сын Бордюча» или «потомок Бордюча». Такие фамилии характерны для Поднепровья, Левобережной Украины и южных регионов, где в XVI–XVII веках суффикс -енко стал главным маркером родового имени, постепенно вытесняя другие формы.

Основа фамилии — прозвище Бордюч. Его происхождение неочевидно, и здесь есть несколько версий. Наиболее правдоподобная связывает его с украинским словом «борд» — так называли доставку товара на борт судна за счёт продавца. Если это так, то прозвище Бордюч мог получить человек, причастный к речной или морской торговле, возможно, купец или владелец груза. Такая версия объясняет не только род занятий предка, но и его возможную связь с портовыми городами или приречными слободами.

Менее вероятная гипотеза выводит прозвище из диалектного «бордюк» — так в некоторых говорах называли бурдюк, кожаный мешок для жидкости. В этом случае прозвище могло относиться к бондарю или торговцу, но эта версия слабее, поскольку в украинском языке слово «бордюк» встречается редко и не даёт убедительной мотивации.

В отличие от многих украинских фамилий, Бордюченко почти не имеет параллельных форм с другими суффиксами (вроде Бордюк или Бордюченко-без-суффикса). Это указывает на то, что фамилия сложилась поздно, когда модель на -енко уже господствовала, и прозвище Бордюч не успело дать другие варианты. Географически фамилия встречается в основном в Черкасской, Полтавской и Кировоградской областях — в зоне активных торговых путей по Днепру.

Социальный статус первых носителей, скорее всего, был невысок: прозвище Бордюч не относится к дворянским или казацким старшинским фамилиям. Это имя простого посадского человека или ремесленника, связанного с речной перевозкой. В документах фамилия фиксируется с конца XVIII века, когда украинские крестьяне и мещане массово получали наследственные фамилии.