Фамилия Боргутенко — редкий случай, когда прозвищная основа, скорее всего, не славянская, а балтийская или германская, а суффикс — типично украинский. Правдоподобная версия: в основе лежит литовское слово bargutis или bargus — «ворчливый», «сердитый». В литовском и латышском языках есть фамилии Баргутис, Баргус, а в польском — Баргут. Носитель такого прозвища мог получить его за неуживчивый или строгий нрав.

Украинский суффикс -енко («сын», «потомок», «ученик») указывает на то, что фамилия окончательно сложилась в землях современной Украины, скорее всего, на Левобережье или в Слобожанщине. Первичная форма — Боргут — могла закрепиться за человеком, который переселился из балтийских регионов (например, из бывшего Великого княжества Литовского, где литовская речь была обычна) или получил прозвище от соседей-литовцев.

Менее вероятная версия — от немецкого Borg («замок», «крепость») или Burg с тем же значением. В таком случае Боргут — это уменьшительная форма, а Боргутенко — «потомок того, кто жил у замка» или «сын Боргута». Но балтийская этимология кажется более естественной, учитывая, что фамилия бытует среди украинцев и белорусов.

Никаких известных исторических личностей с фамилией Боргутенко нет, и в старых реестрах она не встречается. Это говорит о том, что фамилия либо локальная (одна-две семьи в селе), либо возникла поздно, в XVIII–XIX веках, когда крестьянам массово давали фамилии по прозвищам. Её уникальность — в сочетании балтийского корня с украинским патронимическим суффиксом, что отражает давние языковые контакты на границе леса и степи.