Фамилия Борханова образована от мужского имени Борхан, которое восходит к арабскому Бурхан (араб. برهان — «доказательство», «довод», «аргумент»). В исламской традиции это одно из имён, связанных с логикой и ясностью мысли, — так могли назвать мальчика в семье, где ценили учёность или религиозное знание. На русской почве имя адаптировалось в форме Борхан, а фамилия по отцу получила стандартный суффикс -ов и женское окончание -а.

Главная особенность фамилии — её тюркско-исламское происхождение при русском патронимическом оформлении. Борхановы — это потомки человека по имени Борхан, который, скорее всего, жил в среде волжских татар, башкир или народов Кавказа, где арабские имена смешивались с местными языками. В русских документах фамилия могла фиксироваться с XVI–XVII веков, когда служилые татары и мусульманские купцы входили в состав Московского государства и их имена русифицировали. В отличие от фамилий на -ин (от основ на -а), суффикс -ов здесь типичен для фамилий, образованных от имён, оканчивающихся на согласный: Борхан — Борханов.

Спорных версий у фамилии практически нет. Единственная альтернатива — связь с тюркским словом «борхан» (в значении «волк» у некоторых тюркских племён), но это менее вероятно: арабский корень подтверждается и распространённостью имени Бурхан в исламском мире, и тем, что в русских метрических книгах фиксировали именно «Борхан» как вариант имени Бурхан. Географически фамилия чаще встречается в Татарстане, Башкортостане и среди татарской диаспоры, хотя отдельные носители есть и в других регионах России. Социальный контекст: Борхановы могли быть потомками мулл, купцов или ремесленников, но точных данных о сословной принадлежности нет — фамилия не элитарная и не крестьянская, а скорее городская или сельская среда с мусульманским населением.