Фамилия Боубатрын — один из тех редких случаев, когда написание почти полностью выдает происхождение. В русском языке нет исконных корней, которые складывались бы в такое сочетание звуков. Перед нами, почти наверняка, белорусская или западнорусская фамилия, образованная от прозвища или профессии.

Разберем основу. «Боубатрын» — это притяжательное прилагательное с суффиксом -ын, который в восточнославянских фамилиях указывает на принадлежность: «чей?» — «Боубатрын», то есть сын или потомок человека по прозвищу Боубатра. Само прозвище, скорее всего, сложное: боу- и -батра. Первая часть — это, вероятно, диалектное «боу» (ударение на первый слог) в значении «бык» или «вол», известное в белорусских и украинских говорах. Вторая часть — «батра» — может быть формой слова «батрак» (наемный работник) или искаженным «брат» (ср. белорусское «батрын» — братов).

Таким образом, самая прямая версия: Боубатра — это прозвище человека, которого сравнивали с «быком-батраком», то есть с очень сильным, выносливым, но несамостоятельным работником, возможно, с большим и покладистым человеком. В белорусских говорах «боу» (бык) часто использовалось в прозвищах для обозначения упрямства или физической мощи.

Менее вероятная, но возможная версия — топонимическая. Если в основе лежит название места (деревни или урочища) вроде Боубатры или Боубатрын, то фамилия указывает на выходца оттуда. Однако в доступных источниках такое название не фиксируется, что делает прозвищное происхождение более правдоподобным.

Фамилия Боубатрын — штучная, нечастотная. Её носители, скорее всего, происходят из западных областей Беларуси или из приграничных районов Смоленщины и Псковщины, где сохраняются диалектные формы с «боу-». В России такая фамилия встречается единично, что подтверждает её локальный и, вероятно, крестьянский корень: прозвища, связанные с работой и бытом, давали в среде земледельцев и батраков. В дворянских или купеческих родах подобные основы почти не встречаются.