Фамилия Боьунова — редкий случай, когда написание вводит в заблуждение. В ней есть буква «ь» (мягкий знак), которая в русских фамилиях обычно стоит перед суффиксом -ев- (например, Ильин — Ильев), но здесь она попадает в корень. Скорее всего, мы имеем дело с искажением при записи: исходная форма могла быть Боюнова или Боюнов. Мягкий знак мог появиться из-за диалектного произношения (цоканья или шепелявости) или ошибки писаря, который на слух передал мягкий звук.

Если отбросить написание, основа фамилии — «боюн» или «боюн-». В русских говорах слово «боюн» могло означать задиру, драчуна или самоуверенного человека (от глагола «бояться» с отрицательной приставкой — «небоязливый»). Есть и другая версия: корень «бой-» (битва, сражение) с суффиксом -ун-, характерным для прозвищ по действию (бегун, крикун, хвастун). Тогда «боюн» — «тот, кто бьёт» или «участник боя». В пользу этого говорит и то, что фамилия образована по стандартной модели: прозвище Боюн + притяжательный суффикс -ов (чей? — Боюнов). Женская форма Боьунова — это вариант фамилии для женщины, закрепившийся в документах.

Географически фамилия с таким написанием почти не встречается в официальных базах — это указывает на её локальный характер. Возможно, она бытовала в северных или центральных губерниях, где мягкое произношение согласных было особенно сильным. Сравните с однокоренными фамилиями Боюков, Боюшкин, Боев — все они восходят к той же теме «бой» или «бояться». Социальный контекст: прозвище Боюн могли дать не только драчуну, но и, наоборот, трусоватому человеку (иронически). В любом случае, носитель фамилии Боьунова — потомок человека, которого в деревне знали по яркой черте характера или поведению, а не по ремеслу или имени отца.