Фамилия Бойнецкий звучит так, будто за ней стоит географическое название, и это первое, что приходит в голову при её разборе. Типичный суффикс -цк- (в форме -ецк-) указывает на происхождение от топонима: такую модель в польской и западнорусской традиции давали тем, кто был родом из местечка Бойне, Бойня или Бойницы. Скорее всего, перед нами фамилия польского или белорусского корня, поскольку окончание -ский (в польском варианте -ski) характерно для шляхетских фамилий, хотя позже распространилось и среди крестьян.

Основа «Бойн-» неочевидна. Самое прямое объяснение — от названия населённого пункта с корнем «бойня» (место забоя скота) или «бой» (битва, сражение). В Польше и на западе Украины есть несколько сёл с названием Бойне (например, в Люблинском воеводстве), а также Бойня и Бойницы. Человек, переехавший оттуда, получал прозвание «Бойнецкий» — то есть «тот, кто из Бойне». В этом случае фамилия — чистый указатель места жительства, без намёка на ремесло или характер.

Есть и другая, менее очевидная версия: корень может восходить к древнепольскому или древнерусскому личному имени Бойн, которое, в свою очередь, связано с глаголом «бить» (в значении «боец», «воин»). Однако это гипотеза слабая — в доступных ономастических источниках (например, в работах Б. Унбегауна по русским фамилиям) такое имя не фиксируется как распространённое. Правдоподобнее всё же топонимический след.

Фамилия редкая. В современных базах данных она встречается эпизодически, преимущественно в западных регионах России, в Беларуси и среди потомков польской шляхты, переселившихся на восток после разделов Речи Посполитой. В русском написании через «о» (Бойнецкий) она закрепилась, вероятно, под влиянием аканья или просто при записи на слух, хотя в польском оригинале могла звучать как Bojniecki.

Сословная принадлежность носителей неясна: суффикс -ский не гарантирует дворянства, так как в XIX веке такую модель активно перенимали и крестьяне, и мещане. Если предки Бойнецких были шляхтой, то, скорее всего, мелкой, оседлой в одном из местечек на границе современной Польши и Беларуси. Если же крестьянами — фамилию им могли дать по названию деревни, где они жили, уже при переписях.