Фамилия Боюханова — женская форма, а её мужской вариант Боюханов. В основе лежит сложное тюркское имя Боюхан (встречается также в форме Бойхан). Первая часть имени — «бою» — восходит к тюркскому корню со значением «богатеть, обогащаться, быть богатым». Вторая часть — «хан» — древний титул, который переводится как «повелитель, властелин». В буквальном смысле имя Боюхан означало «богатый повелитель». Родители, давая такое имя сыну, желали ему не просто достатка, а ханской власти и процветания.

Фамилии на -ов/-ев, образованные от имён с компонентом «хан», характерны для татарской и других тюркоязычных сред, особенно среди служилых людей и мурз. В XVI–XVII веках многие выходцы из Казанского, Астраханского и Крымского ханств переходили на русскую службу, и их имена превращались в фамилии по русской модели. Однако точное место и время возникновения рода Боюхановых можно установить только через генеалогические разыскания: такие фамилии нередко закреплялись в конкретных уездах, и их география может рассказать больше, чем этимология.

Словообразовательная модель здесь простая: к основе Боюхан прибавили русский патронимический суффикс -ов, который указывал на принадлежность («сын Боюхана»). Окончание -а в женской форме — стандартное для русских фамилий. Встречаются варианты написания с буквой «й» (Бойханов), что связано с фонетическими особенностями тюркских языков, где звук на стыке гласных может передаваться по-разному.