Фамилия Бпотан — редкий и нестандартный случай в русской ономастике. Она не вписывается в привычные словообразовательные модели, характерные для русских фамилий (суффиксы -ов/-ев, -ин, -ский и т.д.). Её основа не содержит ни одного из этих формантов, что сразу наводит на мысль: фамилия, скорее всего, нерусского происхождения или же результат сильного искажения исходной формы.

Наиболее вероятная версия — фамилия Бпотан является русифицированной записью иностранной фамилии. В русском языке нет корня «бпот-», и такое сочетание согласных на стыке слогов для него нетипично. Скорее всего, в основе лежит, например, немецкая или еврейская фамилия, начинающаяся с «Bpot-» или «Bpotan-». При переселении носителя в русскоязычную среду и записи фамилии в документы (например, в метрические книги) произошло упрощение или буквальная транслитерация без адаптации к русской грамматике. Вариант с утерянным суффиксом (например, Бпотанов) также возможен, но в зафиксированном виде фамилия стоит в «голой» форме.

Географически фамилия крайне локализована. В исторических документах и современных базах данных она практически не встречается. Это говорит о том, что род мог быть малочисленным или фамилия была утрачена в советское время из-за смены паспортных данных. Второй вариант — фамилия могла возникнуть как прозвище, но для этого потребовалось бы объяснение, что значит «бпотан» в каком-либо местном говоре, а таких данных нет.

С точки зрения социального контекста, носитель такой фамилии в XIX — начале XX века почти наверняка не принадлежал к дворянству или духовенству (там фамилии образовывались по стандартным моделям). Скорее всего, это была фамилия крестьянина, мещанина или ремесленника, чья семья получила её при унификации фамилий после отмены крепостного права, причём запись сделали со слов или по неграмотности писаря. Никаких известных носителей с такой фамилией в истории нет.