Фамилия Брусченко — типичный пример украинской модели образования на -енко, которая в XVII–XVIII веках закрепилась на Левобережной и Слободской Украине как указание на потомка или принадлежность к роду. Суффикс -енко буквально значил «маленький», «сын» или «ученик», поэтому Брусченко — это «сын Бруска» или «потомок человека по прозвищу Брусок».

Основа фамилии — прозвище Брусок. В русских и украинских говорах бруском называли не только точильный камень, но и плотный, коренастый кусок дерева, а в переносном смысле — человека крепкого, ладного, сбитого, возможно, упрямого или резкого. Встречалось и значение «улей-колода»: брусок — выдолбленная колода для пчёл. Тогда прозвище мог получить бортник или пасечник.

Есть и вторая, менее вероятная версия: от географического названия. В Украине есть село Бруски (Херсонская область) и несколько хуторов Брусовых, но фамилия Брусченко к ним привязана слабо — она встречается в основном в центральных и восточных областях Украины, а также в приграничных районах России (Курская, Белгородская области), куда переселялись украинские крестьяне в XVIII–XIX веках.

Фамилия недворянская, нестарая — типичная крестьянская или казацкая. В реестрах Запорожского войска середины XVIII века попадаются Брусы, Брусковы, но именно форма Брусченко фиксируется позже, в метрических книгах XIX века. В отличие от фамилий с суффиксом -ов/-ев, которые закрепились в великорусских землях, Брусченко сохраняет украинскую словообразовательную традицию, где -енко оставалось продуктивным до конца XIX века.

Однокоренные фамилии — Бруско, Брусков, Брусенко, Брусиловский — все они отталкиваются от того же прозвища, но различаются по региону и времени фиксации. Брусченко — самая компактная и поздняя форма: она не разрослась в дворянские ветви и не дала известных исторических персонажей, что только подтверждает её народное происхождение.