Фамилия Бубиндус — редкий случай, когда русская по форме фамилия имеет, скорее всего, нерусское происхождение. Если отбросить суффикс -ус, который в русском языке нехарактерен для фамилий (обычно он встречается в латинизированных формах фамилий духовенства или в польских фамилиях), то в основе лежит корень «буб-». Это может указывать на латинское или греческое влияние, но куда вероятнее — на польское или украинское происхождение.

В польском языке слово «bąb» или «bęben» означает «барабан», а «bąbel» — «пузырь». Суффикс -ус в польской ономастике иногда добавлялся к прозвищам для придания им более «учёного» или книжного звучания, особенно если носитель был связан с образованием или церковью. Таким образом, Бубиндус могло быть прозвищем человека, который либо барабанил, либо имел круглое лицо, либо был пухлым. Также не исключено, что это переосмысленная форма немецкой фамилии Bubendus, где «Bube» — мальчик, парень, а «Dus» — возможно, искажённое личное имя.

Географически фамилия тяготеет к западным регионам бывшей Российской империи — Беларуси, Украине, Польше. В русских переписных книгах XVIII-XIX веков Бубиндусы не встречаются, что подтверждает её позднее появление или миграционный характер. Если ваш предок носил эту фамилию в России, скорее всего, он был выходцем из шляхты или мещанства западных губерний, где такие «латинизированные» фамилии были в ходу среди мелкой шляхты, которая любила придавать своим прозвищам благородное звучание.

Словообразовательная модель проста: корень «буб-» + суффикс -инд- (редкий, возможно, от польского -ind- в заимствованиях) + окончание -ус. В русском языке аналогов почти нет — разве что фамилия Бубнов, но она образована от прозвища «бубен» (весёлый человек) с помощью стандартного суффикса -ов. Бубиндус стоит особняком: это не крестьянская фамилия, а скорее искусственное или полукнижное образование, которое закрепилось за одним родом.