Фамилия Бубра — редкий пример, когда основа слова почти не оставляет сомнений в своём происхождении. В отличие от множества фамилий, где корень затемнён или спорен, здесь всё прозрачно: «бубра» — это диалектное название бобра. В русских говорах, особенно на северо-западе и в Сибири, форма «бубр» или «бубра» фиксировалась как народный вариант литературного «бобр». Звуковой переход «о» в «у» в безударном положении или в диалектной речи — явление обычное: бобр → бубр.

По словообразовательной модели фамилия относится к древнему типу прозвищ, которые давались по внешнему сходству с животным, по характеру, по роду занятий или даже по названию места. Прозвище Бубра мог получить человек с пышной, похожей на бобровую, бородой или с неуклюжей, «бобровой» походкой. Но самая вероятная версия — профессиональная. В промысловых районах бобров называли именно так, и «Буброй» могли прозвать охотника на бобра или скорняка, выделывавшего бобровый мех.

Суффикса в фамилии нет — она застыла в чистой, бессуффиксной форме. Это характерно для прозвищ, которые стали фамилиями без дополнительного оформления. В русской ономастике такую модель называют «фамилия-прозвище» в именительном падеже. Подобные примеры — Сорока, Ворона, Соловей. В отличие от них, Бубра почти не встречается в центральных областях России, её география тяготеет к северным территориям, где форма «бубр» была в ходу. Встречается она и у белорусов, где слово «бубр» также известно.

Интересная деталь: фамилия Бубра могла возникнуть и как прозвище человека, который «бубрит» — то есть говорит невнятно, бормочет. Но этот глагол («бубрить») вторичен по отношению к названию животного (бормочущий человек сравнивался с бобром, который издаёт характерные звуки). Так что и здесь первичен всё тот же бобр.

В современных телефонных справочниках и базах данных фамилия Бубра встречается единично — в основном в Псковской, Новгородской и Тверской областях, а также в Беларуси. Носителей мало, что делает фамилию не просто редкой, а живым свидетельством местного говора и старых промысловых реалий.