Фамилия Бубусова — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В её основе лежит прозвище или неканоническое имя Бубус, а суффикс -ов указывает на типичную русскую модель образования: «чей?» — Бубусов, то есть сын или потомок человека по прозвищу Бубус. Женская форма Бубусова закрепилась как фамилия через жену или дочь.

Корень «бубус» не имеет устоявшейся трактовки в славянской ономастике. Скорее всего, это звукоподражательное или уменьшительно-ласкательное образование. В русских говорах слово «бубус» могло означать нечто круглое, надутое или ворчливое — ср. диалектные «бубуня» (ворчун), «бубнить» (говорить монотонно). Возможна связь с детской речью: «бубу» — нечто непонятное или игрушка. В таком случае прозвище Бубус могли дать человеку с мягким, детским характером или, наоборот, тому, кто постоянно что-то бормочет.

По географическому принципу фамилия тяготеет к южнорусским и центральным регионам, но встречается крайне редко. В дореволюционных метрических книгах Бубусовы фиксировались в основном в крестьянской среде, без связи с дворянством или купечеством. Это указывает на то, что фамилия возникла как уличное прозвище и закрепилась в одной-двух локальных ветвях.

Можно сравнить её с более распространёнными однокоренными фамилиями — Бубнов, Бубенцов. Если Бубнов образован от «бубен» (музыкальный инструмент), то Бубусов стоит особняком: у него нет прозрачной связи с предметом быта. Вероятно, это прозвище от личного имени, а не от ремесла.

Современные носители фамилии Бубусова могут с равной вероятностью происходить из нескольких русских губерний, но единой «родовой вотчины» у неё нет. В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) эта фамилия не упоминается, что подтверждает её редкость и локальный характер.