Фамилия Будкаева — яркий пример того, как тюркское имя или прозвище, пройдя через русскую словообразовательную модель, закрепилось в документах. Её основа, скорее всего, восходит к тюркскому мужскому имени Будкай или к прозвищу Будка. В основе лежит корень «буд-», который в ряде тюркских языков (татарском, башкирском, казахском) связан с понятиями «крепкий», «плотный», «коренастый» или «сильный». Таким образом, прозвище Будка могло характеризовать физически крепкого, сбитого человека.

Интересна и менее очевидная версия: связь с древнетюркским словом «буда» — «олень» или «лось». В таком случае прозвище могло быть тотемным или указывать на охотника, но эта гипотеза менее распространена, так как в ономастике чаще фиксируются антропонимы, описывающие внешность или характер.

Фамилия образована по русской модели с суффиксом -ев, который присоединяется к основам, оканчивающимся на согласный (Будка → Будкаев). Суффикс указывает на принадлежность: «сын Будкая» или «из рода Будкаевых». Форма Будкаева — это женский вариант фамилии, но в разговорной речи и в официальных документах она часто используется как неизменяемая фамилия для женщин.

Географически фамилия Будкаева наиболее характерна для регионов Поволжья и Урала, особенно для Башкортостана и Татарстана, где исторически сильно тюркское влияние. Встречается она и среди казахов, что подтверждает её общетюркские корни. Сословно носители фамилии могли быть как крестьянами, так и служилыми людьми (казаками, тептярами), которые принимали фамилии по отцу или по прозвищу в XVIII–XIX веках. Специфических данных о дворянском происхождении этой фамилии нет — она типична для основной массы населения.