Фамилия Букишон настолько редкая, что не встречается ни в одном из крупных ономастических словарей. Её носители в России — буквально единицы, и география не прослеживается. Скорее всего, это поздняя по происхождению фамилия, образованная не по русской модели, а принесённая из другого языка и адаптированная кириллицей.

Если разбирать её как русскую, то в глаза бросается нехарактерный суффикс -он. В русских фамилиях такой суффикс встречается в заимствованных или искусственных образованиях (например, Артамонов, где -он- часть основы, или фамилии вроде Гужон — из французского). В случае с Букишон основа «Букиш» не имеет славянских корней. Ближайшая аналогия — фамилия Букиш, которая встречается у евреев-ашкеназов и происходит от имени Буки (сокращение от Биньямин) с добавлением славянского суффикса -иш. В таком случае суффикс -он мог быть добавлен уже на русской почве по аналогии с фамилиями на -он (типа Фишзон, Рабиновичон), что характерно для некоторых регионов бывшей черты оседлости.

Вторая, более прозаичная версия: фамилия могла возникнуть при переписи или в документах из-за искажения. Например, писарь записал на слух фамилию Букишон вместо Букишев, Букишин или Букашкин. В основе таких фамилий лежит прозвище «Бука» — так в русских говорах называли угрюмого, нелюдимого человека (от слова «бука»). Суффикс -ш- и окончание -он могли появиться случайно, при копировании или в результате описки.

Третья версия — иноязычное происхождение. Фамилия может быть румынской или молдавской (окончание -он там частое) и восходить к слову «бук» (дерево) или к личному имени. Либо это французская фамилия Bouquichon, которую русифицировали при переезде в Российскую империю. Такие случаи единичны, но возможны.

Однозначного ответа нет, и это нормально для столь редкой фамилии. Если вы её носитель, то наиболее вероятная версия — что фамилию привезли в Россию в XIX — начале XX века из Восточной Европы (Бессарабия, Подолье) или она возникла из-за ошибки в документе.