Фамилия Букубаев — тюркская по происхождению, и её разумнее всего рассматривать в контексте казахской или киргизской антропонимии. Основа здесь — личное имя Букубай. Оно сложное, составное: первая часть «буку» (в тюркских языках — «олень», «марал» или «бык»), а вторая — «бай» (богатый, хозяин, господин). Таким образом, имя Букубай переводится примерно как «богатый оленем», «олений хозяин», а в переносном смысле могло означать «крепкий, могучий, как бык». Это типичный для кочевых народов способ дать имя-пожелание: мальчику желали силы, выносливости и богатства, сравнивая его с сильным зверем.

Суффикс «-ев» в русской записи фамилии — это адаптация тюркского патронимического форманта. В оригинале фамилия звучала бы как Букубайулы (сын Букубая) или Букубаев — по русской модели «чей?» (как Иванов — сын Ивана). Фамилию зафиксировали в документах Российской империи или Советского Союза, когда у кочевого населения стали массово записывать фамилии по отчеству. Поэтому Букубаев — это буквально «потомок Букубая».

Географически фамилия привязана к Казахстану и Кыргызстану, реже встречается у башкир и татар. Внутри казахского языка есть диалектные варианты: в южных регионах «буку» могло произноситься как «бугы», отсюда возможны параллельные формы вроде Бугубаев. Сама фамилия не элитарная и не крестьянская — она фиксирует родовую принадлежность, а не сословие. Носитель этой фамилии в XIX веке с высокой вероятностью был скотоводом-кочевником из Среднего или Старшего жуза, а его предок получил прозвище за физическую мощь или за владение большим стадом.

Интересная деталь: имя Букубай могло быть не только пожелательным, но и охранительным. У тюркских народов иногда давали детям «звериные» имена, чтобы обмануть злых духов — мол, это не человек, а детёныш оленя, не троньте его. Так что за прозаичной фамилией может стоять древний обряд.