Фамилия Буняченко — характерный пример украинской модели фамилий на -енко, которая в XVII–XVIII веках распространилась на Левобережной Украине, а затем и за её пределами. Суффикс -енко изначально означал «маленький» или «сын» (как уменьшительно-патронимический), так что Буняченко — это буквально «сын Буняки» или «потомок Буняки». Основа фамилии — прозвище Буняка.

Что могло означать это прозвище? В украинских говорах слово «буня» или «буняка» имеет несколько значений. Самое вероятное — это производное от глагола «бунити» (ворчать, брюзжать, издавать глухой звук). Так могли прозвать человека угрюмого, неразговорчивого или того, кто постоянно был чем-то недоволен. В некоторых диалектах «буня» — это также название толстого, неуклюжего человека или, наоборот, ласковое обращение к ребёнку (сравните с русским «бука»). Менее вероятна, но возможна связь с тюркским именем Бунья (вариант имени Буния — «строитель»), которое встречалось в южнорусских степях.

Словообразовательный разбор показывает, что перед нами фамилия не дворянская (с суффиксом -ский), а крестьянская или казацкая. В реестрах Запорожского войска и метрических книгах Полтавской и Черниговской губерний фамилия Буняченко встречается довольно часто, что указывает на её массовое бытование среди сельского населения. В отличие от русифицированных вариантов на -ов, форма на -енко сохранила исходную украинскую огласовку.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Буняк, Буняков, Бунин (от той же основы) — это более ранние или параллельные варианты. Буняченко же — форма, указывающая на прямую линию родства: не просто «относящийся к Буняке», а именно «его сын». В современной России фамилия встречается, но редко, чаще всего её носители — потомки переселенцев с Украины времён Столыпинской реформы или индустриализации.