Фамилия Буогакова — редкий случай, когда написание расходится с произношением и скрывает неочевидную основу. На слух фамилия кажется тюркской или кавказской, но при ближайшем рассмотрении словообразовательная модель указывает на русскую или русифицированную фамилию, образованную от прозвища или имени с помощью патронимического суффикса -ов.

Корень «Буогак» не имеет прямых соответствий в современных русских нарицательных словах. Скорее всего, это искажённое или диалектное звучание исходного прозвища. Наиболее вероятная версия: основа восходит к слову «бугай» — так в южнорусских и украинских говорах называли быка-производителя, а в переносном смысле — крупного, сильного или упрямого человека. В этом случае фамилия прошла через цепочку изменений: Бугай → Бугаков → Буогаков (с редукцией гласного и упрощением написания). Форма «Буогаков» могла закрепиться в документах из-за особенностей местного произношения или ошибки писаря, который записал фамилию на слух.

Менее вероятная, но допустимая гипотеза — связь с тюркским словом «буу» (олень) или «буга» (бык) через какой-нибудь местный этноним или прозвище. Однако суффикс -ов однозначно указывает на то, что фамилия оформлялась в русской среде: тюркские фамилии обычно оканчиваются на -ов/-ев только после русификации, и тогда корень должен был бы сохраниться как Бугаев или Букаев. Написание «Буогакова» — скорее всего, результат письменной фиксации диалектного произношения фамилии Бугаков.

Фамилия Буогакова — женская форма; мужская — Буогаков. По сословной принадлежности предки, скорее всего, были крестьянами или однодворцами южных губерний России, где прозвища от «бугай» встречались часто. Встречаемость фамилии крайне низкая, что подтверждает её локальное происхождение и возможную ошибку в написании, закрепившуюся в одном роду.