Фамилия Бурдученко — один из вариантов фамилий, образованных от прозвища или мирского имени Бурдук. Суффикс «-енко» (в южнорусских и украинских землях распространённый как «-енко») указывает на происхождение по отцу: Бурдученко — это «сын Бурдука». Такая модель типична для фамилий, которые складывались в XVI–XVII веках, когда к имени или прозвищу отца добавлялся этот патронимический суффикс.

Что могло лежать в основе прозвища Бурдук? Здесь есть несколько линий, и они ведут в разные стороны. Первая версия связана с диалектным словом «бурдук». По словарю Владимира Даля, бурдук — это блюдо якутской кухни: кисель из квашеного раствора ржаной муки. Казалось бы, связь далёкая, но в том же словаре указано, что Бурдуками (или бурдушниками) называли жителей берегов реки Лены. То есть прозвище могло указывать на место жительства или происхождения предка — выходца с Лены, из мест, где это блюдо было распространено.

Вторая версия отталкивается от слова «бурдюк» — кожаного мешка для хранения вина. Если предположить, что в говорах произошла замена «ю» на «у» (бурдюк → бурдук), то прозвище могло относиться к человеку полному, похожему на мешок, либо к любителю хмельного, либо к торговцу винами. Такие прозвища по внешности или ремеслу — одни из самых древних и устойчивых.

Третья, менее вероятная версия — от тюркского «бурдук» (сорт пшеницы, крупа). Но для центральных и южных областей, где фамилия Бурдученко встречается чаще, эта связь слабая.

Важно, что фамилия Бурдученко — не единственная в этом гнезде. Однокоренные Бурдуков, Бурдуковский, Бурдун, Бурденко — все они восходят к той же основе. Разница в суффиксах отражает региональные особенности: «-ов» — севернее и центральная Россия, «-енко» — юг (Украина, Курская, Воронежская, Ростовская области). Таким образом, Бурдученко — южный вариант фамилии, где патроним на «-енко» закрепился в качестве родового имени.