Фамилия Бурдуковские образована от личного прозвища Бурдук. Самая вероятная версия связывает это прозвище с нарицательным «бурдук» — так называли жителей берегов реки Лены. Если это так, то основатель рода Бурдуковских получил прозвище по месту жительства или происхождения, что типично для русских фамилий на -ский, указывающих на местность.

Менее распространённая гипотеза выводит прозвище из слова «бурдюк» — кожаный мешок для вина. В таком случае Бурдуком могли прозвать полного человека (по сходству с надутым бурдюком), любителя хмельного или торговца вином. Эта версия менее правдоподобна, поскольку в основе фамилии лежит именно форма «Бурдук», а не «Бурдюк», и географическая привязка к сибирской реке выглядит более конкретной и обоснованной.

Модель образования фамилии — суффикс -ский, который в русской ономастике часто указывал на дворянское или шляхетское происхождение, особенно в западных и южных регионах. Однако фамилии на -ский могли получать и выходцы из духовенства, и простые люди, переселившиеся из одной местности в другую. В случае с Бурдуковскими прозвищная основа (а не топоним) говорит скорее о более демократичном происхождении: фамилия закрепилась за потомками человека по прозвищу Бурдук.

Точное время и место возникновения фамилии Бурдуковский установить сложно — процесс формирования фамилий в разных слоях общества растянулся на несколько столетий. Но ясно, что перед нами памятник живой народной речи, где географическое прозвище или бытовая характеристика человека стали родовым именем.