Фамилия Бургермерн — один из тех редких случаев, когда с высокой вероятностью можно говорить не о русском, а о немецком или голландском происхождении. В русском языке у неё нет прозрачной внутренней формы: слова «бургермерн» не существует, а привычные суффиксы (-ов, -ин, -ский) отсутствуют. Всё указывает на то, что это фамилия-композит, сложенная из двух корней.

Первый корень — «бургер» (нем. Bürger) — означает «горожанин», «гражданин», «бюргер». Второй — «мерн» — скорее всего, искажённое «мейер» или «майер» (Meier, Meyer), что на южнонемецких диалектах значило «управляющий», «староста», а позже стало одной из самых частых немецких фамилий. Таким образом, Бургермерн могло сложиться как «бюргер-майер» — то есть «городской староста» или «выборный глава горожан». Сращение двух частей в одно слово — типичная черта немецкой ономастики, особенно в фамилиях, образованных от должностей.

Вероятный путь в русскую среду — через остзейских немцев или колонистов Поволжья. В XVIII–XIX веках немцы, приглашённые в Российскую империю, нередко получали или сохраняли фамилии, отражавшие их социальный статус. Бургермерн могла принадлежать либо семье городского чиновника, либо потомкам тех, кто занимал выборную должность в немецкой общине. Географически фамилия зафиксирована в единичных случаях, что подтверждает её узкое распространение.

В русском языке конечное «-н» вместо ожидаемого «-р» (BurgerMeier → BurgerMern) — возможный результат адаптации: при записи со слуха или через польское посредство конечный звук мог измениться. В любом случае, Бургермерн — не крестьянская фамилия и не топонимическая, а скорее социально-профессиональная, что выделяет её на фоне массовых русских фамилий на -ов.