Фамилия Бутюто — один из тех редких случаев, когда написание почти полностью совпадает с произношением, но при этом не даёт очевидной подсказки о происхождении. На слух она звучит как калька с французского, и это первое, что приходит в голову: не переделали ли на русский лад фамилию вроде Boutot или Butot? Такие фамилии во Франции действительно существуют, но чтобы они массово попали в Россию, нужна была бы волна эмиграции или дворянские корни, а никаких следов этого у Бутюто нет.

Куда правдоподобнее, что перед нами фамилия, образованная от прозвища по модели, характерной для западнорусских земель, особенно Беларуси и Украины. Суффикс -юто встречается нечасто, но он родствен уменьшительно-ласкательным формам: сравните с фамилиями Костюто, Мартюто, где основа — имя (Костя, Мартин). В основе Бутюто может лежать либо имя Бут — сокращение от Будимир, Бутомир или редкого крестильного Бути́н (от лат. Butinus), либо прозвище от диалектного глагола «бутить» — забивать, заколачивать, или от «бута» — глуповатый, упрямый человек (в псковских и тверских говорах). В таком случае Бутюто — это «маленький Бут» или «сын Бута», а фамилия закрепилась в форме субъективной оценки: не просто «принадлежащий Буту», а «Бутёнок».

Географически фамилия встречается единично, в основном на юге России и в Сибири, что типично для переселенческих фамилий, ушедших с запада в ходе столыпинской аграрной реформы. Никаких дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано — скорее всего, предки были крестьянами или мещанами, а прозвище дали за характер или манеру поведения. Написание с твёрдым окончанием -о, а не -а, указывает на то, что фамилия могла быть записана в мужском роде по польской или украинской традиции (Бутюто, как и Ковальчуко), но в русском языке застыла в неизменяемой форме.