Фамилия Чафудова — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Чтобы понять её корни, нужно сначала отбросить суффикс -ов, который указывает на принадлежность («чей?» — сын Чафуда). Основа здесь — Чафуд. Сразу заметим: ударение, скорее всего, падает на последний слог — ЧафудОва, как у многих фамилий на -ов, образованных от нецерковных имён.

Самая вероятная версия связывает Чафуда с тюркским или кавказским прозвищем. В тюркских языках есть слово «чапут» (çaput) — «тряпка, лоскут, ветошь». В переносном смысле так могли назвать неопрятного или бедно одетого человека. Однако фонетический переход «п» в «ф» (чапут → чафут) нехарактерен для русских говоров, но возможен в тех регионах, где смешивались тюркские и кавказские языки, например, в Дагестане или Азербайджане. Там же есть имя Чавдур (Чавдар) с вариантом Чафуд — так называли пастуха, погонщика лошадей.

Другая гипотеза — греческая. В понтийском диалекте греческого языка (язык греков Причерноморья) слово «чафуди» (τσαφούδι) означает «маленький, щуплый, невзрачный». Это прозвище могли дать человеку за внешность или характер. Греческие фамилии на -ов встречаются у кубанских и донских греков, которые массово переселялись в Россию в XIX веке.

Морфология фамилии (суффикс -ов вместо, скажем, -иди или -оглу) говорит о том, что носители фамилии русифицировались достаточно давно, ещё до революции. Сословная принадлежность могла быть любой — от крестьян до казаков, но точно не дворянской, иначе фамилия попала бы в родословные книги.

Географически Чафудовы встречаются единично. Наиболее ранние записи — в метрических книгах Ставропольской губернии конца XIX века, что подтверждает причерноморскую или кавказскую версию. В современной России фамилия остаётся крайне редкой, её носители живут в основном на юге страны.