Фамилия Чанаканов — редкий пример, где основа не сразу поддаётся расшифровке. На первый взгляд, в ней слышится что-то тюркское, и это верное направление. Скорее всего, в основе лежит прозвище или имя Чанакан. Разбираем по частям: корень «чанак» (или «чана») в тюркских языках (татарском, башкирском, казахском) означает «сани», «розвальни» или «корыто». Суффикс «-ан» в тюркских именах часто образует уменьшительно-ласкательную или усилительную форму: Чанакан — буквально «саночки» или «человек, связанный с санями». Фамильный суффикс «-ов» — стандартный русский патронимический формант, указывающий на принадлежность («сын Чанакана»). Таким образом, первый носитель фамилии мог получить прозвище за то, что делал сани, торговал ими или, что вероятнее, был возчиком, управлявшим санным обозом.

Есть и более прозаичная версия. В некоторых тюркских диалектах «чанак» — это просто «миска», «чашка» (сравните с узбекским «чойнак» — чайник). Тогда Чанакан — человек с прозвищем «Миска» или «Чашка», возможно, за круглую форму лица или за то, что он был гончаром. Эта гипотеза слабее, потому что в фамилиях чаще закрепляется социально или профессионально значимый признак, а не бытовой предмет утвари.

Географически фамилия Чанаканов тяготеет к Поволжью и Уралу, особенно к Башкортостану и Татарстану. Встречается она и у крещёных татар (кряшенов), которые часто получали фамилии по русской модели от тюркских основ. Сословно предки Чанакановых, скорее всего, были государственными или экономическими крестьянами — в купеческих или дворянских родословных эта фамилия не зафиксирована. В написании возможна путаница с похожей фамилией Чунаканов (от «чунак» — «неумелый»), но это совершенно другая этимология.