Фамилия Чапахина — женская форма мужской фамилии Чапахин, и её происхождение напрямую связано с прозвищем или именем, которое носил предок. Основа здесь — слово «чапах».

В русских говорах, особенно на юге и юго-востоке, «чапах» или «чапаха» означало нечто неопрятное, грязное, растрёпанное. В словаре Владимира Даля «чапаха» — это «неряха, замарашка», а глагол «чапать» — «пачкать, грязнить». Скорее всего, прозвище Чапах дали человеку неаккуратному, не следящему за собой, или тому, кто работал в грязи, например, землекопу или гончару.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с тюркскими корнями. В тюркских языках «чап» означает «быстро, резво», а «чапак» — «мелькание». В этом случае прозвище могло характеризовать человека подвижного, расторопного, «быстрого как молния». Однако для фамилий центральной России более типично славянское объяснение, тем более что суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — сын Чапаха), что характерно для прозвищ, а не для заимствованных имён.

Суффикс -ин — один из самых распространённых в русских фамилиях, он образовывался от основ на -а, -я. Таким образом, Чапахин — буквально «сын Чапаха». Географически фамилия редкая, не входит в сотни самых частых. Встречается в основном в Поволжье и центральных областях России, что согласуется с диалектной зоной слова «чапаха». Известных исторических носителей, оставивших яркий след, не зафиксировано, что типично для фамилий, возникших из бытовых прозвищ простых людей.