Фамилия Чаптыкова — женская форма, а мужская, Чаптыков, образована по стандартной русской модели с суффиксом -ов. Основа здесь — прозвище или имя Чаптык, которое в свою очередь восходит к тюркскому корню. Скорее всего, в основе лежит тюркское слово «чапты» (или близкое к нему «чап», «чабу»), означающее «быстрый», «резвый», «скачущий». В диалектах сибирских татар, алтайцев и хакасов «чапты» могло относиться к человеку с быстрой походкой, хорошему наезднику или даже к коню. Таким образом, первый носитель фамилии, Чаптык, получил прозвище за скорость или подвижность.

Географически фамилия тяготеет к Южной Сибири — Хакасии, Туве, Алтаю. Это неслучайно: в хакасском языке слово «чапты» означает «быстро бегущий», а в алтайской ономастике встречаются родственные имена и прозвища. Например, в исторических записях XIX века упоминаются Чаптыковы среди кочевых родов Минусинского уезда. Менее вероятна, но возможна связь с тюркским «чаптык» — «рубленый» или «отрубленный» (от глагола «чап» — рубить), но в контексте личного прозвища эта версия слабее: прозвища «Рубленый» в тюркской среде почти не встречаются, тогда как прозвища, характеризующие быстроту, типичны.

Суффикс -ов указывает, что фамилия оформлялась уже в русской среде, вероятно, при переходе тюркского населения на русскую антропонимию в XIX — начале XX века. Крестьянами или казаками её носители быть не могли — скорее, это были «инородцы» (так тогда называли коренные народы Сибири), которые при переписях получали фамилии по отцовскому прозвищу. Сословно Чаптыковы — из аратов (скотоводов) или служилых людей сибирских острогов, если род обрусел раньше. Точных цифр по распространённости нет, но фамилия редкая: в современных телефонных справочниках она встречается в основном в Хакасии и Красноярском крае.