Фамилия Чарлаганов — редкая и с трудноуловимой основой. Если с суффиксом всё прозрачно: -ов указывает на типичную русскую модель образования от отчества или прозвища отца, то корень «чарлаган» ставит в тупик. Прямого слова с таким значением в современном русском языке нет.

Вероятнее всего, перед нами диалектное или профессиональное прозвище. Можно предположить связь с тюркскими языками, где корень «чар» означает «четыре» или «мера», а «лаган» — это «таз» или «миска» (известно слово «лаган» в значении «большая плоская чаша»). В таком случае Чарлаганом могли назвать человека, делавшего или продававшего большие миски, — гончара или торговца посудой. Либо это составное прозвище, где «чар» указывает на количество (четвертной), а «лаган» — на предмет, то есть «четвертной таз», что тоже ведёт к ремесленнику.

Вторая версия, хоть и менее вероятная, — от имени или прозвища Чарла (с суффиксом -ган, как в фамилиях Абрамганов, Сарган). Но имя Чарла не фиксируется в святцах и вряд ли было крестильным. Скорее, это искажённое тюркское имя или прозвище, где «чар» — «хитрый», «лукавый».

Географически фамилия встречается крайне редко, преимущественно в Поволжье и на Урале — регионах, где веками шло смешение русского и тюркского населения. Это косвенно подтверждает первую версию. Носители фамилии, скорее всего, потомки ремесленников или крестьян, получивших прозвище по роду занятий или внешней особенности. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что типично для поздних, «ремесленных» прозвищ.