Фамилия Чарпыкова — женская форма, мужская — Чарпыков. Она образована от прозвища или имени Чарпык. В основе, скорее всего, лежит тюркское слово «чарпык» или «чарпук». В ряде тюркских языков (например, в киргизском, казахском, узбекском) «чарпык» означает «удар», «отрезок», «кусок», а также может относиться к резкому, порывистому человеку. В диалектах встречается значение «щепка», «обрубок» — так могли прозвать плотника, дровосека или человека коренастого, крепкого сложения.

Суффикс -ов указывает на русскую модель фамилии, но сама основа явно не славянская. Это типичный случай, когда тюркское прозвище при обращении в официальную фамилию получило русское окончание. Географически фамилия Чарпыкова встречается в южных регионах России, в Поволжье и в Средней Азии, особенно среди народов, говорящих на кыпчакских языках. Встречается также вариант Чарпуков — с более явным сохранением гласной «у» в корне.

В дореволюционных записях фамилия почти не фиксируется, что говорит о её позднем оформлении — скорее всего, в XIX — начале XX века, когда крестьяне и кочевые народы массово получали фамилии. Родственные фамилии — Чарпышев, Чарпаев, Чаркин. Значение прозвища могло быть ироничным или описательным: «чарпык» — не только «удар», но и «отсечённый кусок», так могли назвать младшего сына или пришлого человека, «отрезанного» от рода.