Фамилия Чарыпхан — редкая, и её происхождение почти наверняка лежит за пределами собственно русской ономастики. В ней нет славянских суффиксов (-ов, -ин, -ский), а основа не соотносится с известными русскими корнями. Поэтому искать её нужно не в крестьянских прозвищах или ремёслах, а в тюркском или иранском именослове.

Наиболее вероятная версия — что перед нами сложносоставное имя-прозвище, где вторая часть «-хан» указывает на титул или высокое положение (хан, правитель). Первая часть «Чарып» может быть искажённым вариантом имени Чарпас, Чарпак или производным от тюркского слова «чарык» — «обувь», «поршень» (вид кожаной обуви). В таком случае Чарыпхан — это «хан, который носит чарыки» или, метафорически, «хан из простого народа», «хан-сапожник». Встречается и гипотеза, связывающая «чарып» с глаголом «чарып» в значении «бьющий», «разящий», что даёт образ «карающий хан».

Географически фамилия тяготеет к регионам, где исторически смешивались тюркские и русские традиции: Поволжье, Приуралье, Северный Кавказ. У русских носителей она могла появиться при записи в метрические книги выходцев из татарской, башкирской или казахской среды. В XIX веке такие имена нередко переходили в фамилии без изменений, особенно если человек был грамотным или служил в казачестве.

Словообразовательно фамилия стоит особняком: она не прошла типичную русификацию (не стала Чарыпхановым или Чарыпхановским). Это указывает на относительно позднюю фиксацию — вероятно, в конце XIX — начале XX века, когда бюрократия уже не переделывала иноязычные имена на русский лад. Поэтому Чарыпхан — живой осколок тюркской антропонимической модели, сохранённый в русском паспорте.