Фамилия Чемоганский — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В ней отчётливо видна модель, характерная для польской, украинской или белорусской ономастики: суффикс -ский (-цкий) указывает на дворянское или шляхетское происхождение, либо на связь с географическим названием. В восточнославянской традиции фамилии на -ский часто получали те, кто владел землёй или происходил из определённого поместья. Однако основа «Чемоган» — нестандартная, и её толкование требует разбора.

Скорее всего, в основе лежит прозвище или топоним. «Чемоган» могло быть искажением слова «чемодан» (в старых говорах — «чемоган»), но такое прозвище давали либо путешественнику, либо торговцу, либо человеку с заметной внешностью — например, полному. Вторая версия — связь с тюркскими корнями. В языках Поволжья и Сибири встречаются слова «чеме» (лодка, челнок) и «ган» (кровь, род), но это построение гипотетическое. Спорной версией можно считать происхождение от личного имени Чемоган — такого имени в православных святцах нет, но в некоторых регионах могли существовать прозвища-имена от тюркских «чемен» (луг, трава).

Самая правдоподобная гипотеза — фамилия образована от названия населённого пункта. Например, в России и на Украине существовали хутора и деревни с названиями вроде Чемоган, Чемоганы (возможно, от диалектного «чемога» — вид обуви или одежды). Переселенцы из такого места получали фамилию Чемоганский. Географически фамилия встречается крайне редко, в основном в центральных и южных регионах России, что говорит о локальном бытовании.

Если принять версию с прозвищем, то предок носителя фамилии мог быть человеком, связанным с дорогой или торговлей, либо просто обладателем заметной черты. В любом случае, Чемоганский — это фамилия, возникшая не в крестьянской среде (суффикс -ский для крестьян нехарактерен), а скорее у служилых людей, мелкопоместной шляхты или духовенства. Точных исторических записей о знатных родах Чемоганских нет, что указывает на угасшую или обедневшую ветвь.