Фамилия Ченючин образована от прозвища или нецерковного имени Ченюка, а то, в свою очередь, — от слова «ченюк». В русских говорах, особенно на юге и западе, «ченюком» называли чванливого, спесивого человека или, в иных диалектах, неряху. Основа та же, что и в глаголе «чваниться» (древнерусское «чьвати»), но с характерным чередованием согласных. Таким образом, первый носитель фамилии получил её, скорее всего, за заметную особенность характера — либо горделивость, либо небрежность в быту.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Ченючин буквально значит «сын Ченюки» или «человек из семьи Ченюки». Модель типична для русских фамилий, образованных от основ на -а/-я. Встречаются однокоренные фамилии Ченюков, Ченюгин — они различаются только суффиксальным оформлением, но восходят к тому же корню.

Географически фамилия редкая, её следы ведут преимущественно в южнорусские и западнорусские губернии, где диалектное слово «ченюк» было в ходу. В переписных книгах XVII–XVIII веков могли фиксировать прозвище Ченюка, от которого и пошёл род. Сословная принадлежность предков не восстанавливается без генеалогического поиска по конкретному региону: Ченючины могли быть и крестьянами, и посадскими людьми.

В написании фамилия устойчива: двойного «н» или варианта с «чн» не зафиксировано. Единственная особенность — ударение, которое в большинстве случаев падает на второй слог: Ченю́чин.