Фамилия Чепауските — редкий пример литовской фамилии в русском контексте. Её окончание -ите (-ytė) однозначно указывает на женский род в литовской антропонимике: это форма для незамужней женщины или девушки. Мужской аналог — Чепаускас (Čepauskas). Такая модель образования фамилий характерна для Литвы и исторических территорий Великого княжества Литовского, где по сей день фамилии жён и дочерей различаются суффиксами.

Основа фамилии — «Чепаус» (Čepaus). Вероятнее всего, она восходит к литовскому корню «čep-», связанному с чепухой, мелочью, или же к глаголу «čepenti» — болтать, чесать языком. В таком случае прозвище Чепаус мог получить говорливый человек, балагур или тот, кто несёт вздор. Это типичное прозвищное имя, которое закрепилось за родом и затем оформилось в фамилию по балтийской модели.

Географически фамилия Чепауските скорее всего происходит из северо-восточных районов Литвы или из пограничья с Латвией и Беларусью — регионов, где были распространены фамилии на -auskas. Встречается она и в Литве, и среди литовских диаспор, в том числе в России и странах Балтии. В русской среде фамилия могла подвергнуться русификации окончания, но форма Чепауските сохранила оригинальное литовское звучание.

Стоит отметить, что фамилия не имеет отношения к русским фамилиям на -ский/-цкий. Суффикс -auskas в литовском языке не является аналогом польского -ski; он восходит к старым прозвищам. Поэтому попытки искать в ней славянский корень ошибочны. Это чисто балтийская фамилия, и её носительница — скорее всего, потомок литовского крестьянина или ремесленника, получившего прозвище за манеру речи.