Фамилия Чепониене — редкий случай в русском ономастиконе, и её разбор требует сразу оговорить важную деталь: перед нами не исконно русская фамилия, а литовская, оформленная по правилам литовского языка. Окончание -ене указывает на замужнюю женщину (суффикс женских фамилий в Литве). Мужская форма этой фамилии — Чепонис (Čeponis). Таким образом, если вы встретили женщину с фамилией Чепониене, её муж или отец, скорее всего, носил фамилию Чепонис.

Основа фамилии — литовское прозвище Čeponis. Его корень — čep- — восходит к глаголу čeplioti, čepenti, что означает «шлёпать», «хлопать», «чавкать» или «говорить невнятно, мямлить». В литовской антропонимии такие прозвища давали либо человеку с нечёткой речью, либо тому, кто, например, неуклюже ходил, шлёпая по грязи. Вторая версия, более прозаичная: čepas в некоторых говорах — «чепец» или «головной убор», тогда прозвище могло относиться к мастеру, изготавливающему такие вещи, или к человеку, который постоянно носил странный головной убор.

С точки зрения словообразования, суффикс -onis (в мужском роде) — один из типичных для литовских фамилий, образованных от прозвищ или названий занятий. Он аналогичен русскому -ов или -ин, но указывает на более личную, описательную характеристику. В XVII–XIX веках, когда в Литве закреплялись фамилии, такие прозвища часто фиксировались за крестьянами и мелкими ремесленниками Жемайтии и Аукштайтии. Фамилия Чепонис (и, соответственно, Чепониене) географически привязана к Литве, а в России встречается в основном у потомков литовских переселенцев или в смешанных браках.

Русское ухо может спутать корень с тюркским «чепон» (вид одежды), но лингвистически это разные линии: в фамилии Чепониене отчётливо прослеживается балтская основа с характерным суффиксом, не свойственным ни славянским, ни тюркским языкам. В дореволюционных документах эта фамилия могла записываться с искажениями — Чепонене, Чепонене или даже Чипонис, — так как русские писцы не всегда различали литовские долготы гласных и мягкость согласных.