Фамилия Чепукойть — один из тех редких случаев, когда носитель с высокой вероятностью может определить не только географию предков, но и их этническое происхождение. Фамилия звучит совершенно не по-русски, и это подсказка: перед нами типичный пример литовской или жемайтийской фамилии, адаптированной под русскую письменность.

Разберём суффикс. Окончание -ойть — это русифицированная передача литовского суффикса -aitis (или -aitė для женщин). В Литве и исторической Жемайтии такие фамилии означали «сын такого-то» или «потомок». То есть исходная форма, скорее всего, звучала как Čepukaitis. При переходе в русскую среду фамилию записали на слух: твёрдое литовское «а» превратилось в «о» (Чепукойть вместо Чепукайтис), а окончание «-ис» отбросили, оставив характерное «-ть».

Основа фамилии — Čepuk- (Чепук-). Это уменьшительная форма от литовского имени или прозвища. Самый вероятный источник — личное имя Čepas (Чепас), которое, в свою очередь, восходит к сокращённой форме христианского имени Česlovas (Чеслав). В литовской ономастике это обычная цепочка: полное имя → короткая форма → уменьшительная форма с суффиксом -ukas → фамилия на -aitis. Реже, но возможно, основа связана с диалектным словом čepas — так в некоторых говорах называли чурбан, обрубок дерева, но для прозвища это менее характерно, чем происхождение от имени.

Таким образом, носитель фамилии Чепукойть — почти наверняка потомок литовца (или жемайта), которого в документах XIX — начала XX века записали по отчественной модели: «Чепукайтис» стал «Чепукойть». Фамилия указывает на регион современной Литвы или приграничных районов Беларуси (бывшая Виленская, Ковенская губернии), где литовское население было значительным. Никакого отношения к русскому слову «чепуха» фамилия не имеет — это случайное звуковое совпадение.