Фамилия Череперина — женская форма фамилии Череперин, и её происхождение напрямую связано с прозвищем или профессией. Основа — слово «череп», но не в современном, а в более широком древнерусском значении. В старину «черепом» называли не только кость, но и глиняный черепок, горшок, а также верхнюю часть головы. Поэтому у фамилии может быть несколько корней.

Самая вероятная версия — профессиональная. Черепериным, а затем и Черепериным, могли прозвать гончара, мастера, изготавливающего черепяную (глиняную) посуду. В говорах «черепень» или «черепеня» — это горшок, а «черепенить» — лепить из глины. Такой ремесленник был на виду, и его прозвище легко закреплялось за потомками. Менее распространённая, но возможная версия — прозвище по внешности: например, человек с крупной, выпуклой или необычной формой головы («череп» в значении «темя»).

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Череперин — сын Черепери. Такая модель типична для центральных и северных русских земель, где фамилии на -ин образовывались от слов мужского рода, оканчивающихся на -а/-я. Прозвище Черепера — человек, связанный с черепами (гончар или, реже, тот, кто разбивал черепки), — дало форму Череперин.

Интересная деталь: фамилия могла бы писаться как Черепин (от слова «череп» напрямую), но добавление «ер» в корне — Череп-ер-ин — характерно для диалектной или профессиональной лексики, где суффикс -ер- указывал на деятеля. Так, гончар назывался не просто «череп», а «черепёр» или «черепера». Это роднит Черепериных с фамилиями типа Кожемякин (от «кожемяка») или Скорняков (от «скорняк»).

Встречаемость фамилии невысокая, она редкая. Географически чаще отмечается в Поволжье и на Урале, где гончарный промысел был особенно развит. Сословно — почти наверняка крестьянское или ремесленное происхождение: дворянские роды с такой фамилией в исторических списках не значатся.