Фамилия Чернисская — редкий случай, когда географическая основа почти наверняка перевешивает любую другую версию. Суффикс -ск- указывает на происхождение от названия места: такую фамилию получал человек, который был откуда-то родом или владел землёй. Корень «Чернис-» почти без вариантов ведёт к топониму Чернис или Чернисы. Такие названия встречаются в Беларуси и на западе России — например, деревня Чернисы в Витебской области или урочища с похожим именем. Житель этих мест становился «чернисским», а его потомки закрепили фамилию в женской форме — Чернисская.

Менее вероятная, но не исключённая версия — происхождение от прозвища Чернис. В славянских языках основа «черн-» обычно связана с цветом волос или кожи: чернявый, смуглый. Суффикс -ис в прозвищах встречается редко, но мог появиться под влиянием западных говоров или как результат индивидуального словообразования. Однако в таком случае мы бы ожидали фамилию Чернисов или Чернисин — суффикс -ский здесь выглядит искусственным для чисто прозвищной модели.

Форма Чернисская — женская. Мужской вариант — Чернисский. Такая пара характерна для фамилий польского или западнорусского дворянства, где окончание родового прозвания менялось по полу. В крестьянской среде фамилии на -ский/ -ская тоже бытовали, но реже — обычно их давали по названию деревни, откуда семья переселилась. Поэтому предки носительницы фамилии Чернисская с высокой долей вероятности жили в местечке с корнем «черн-» на территории современной Беларуси, Смоленщины или Псковщины.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Черницкий, Черниченко, Чернисов — показывает, что Чернисская стоит особняком. У неё нет распространённых вариантов с суффиксами -ов или -ин, что подтверждает именно топонимическое, а не прозвищное происхождение. В документах XIX века такая фамилия могла принадлежать мещанкам или мелкопоместным дворянкам, но точных данных о сословной принадлежности без генеалогического поиска по конкретному региону нет.