Фамилия Чернопупенко — яркий пример того, как прозвище, основанное на внешней примете, превратилось в фамилию. Её основа довольно прозрачна: «черный пуп». Но толковать это буквально не стоит — речь не о цвете пупка, а о человеке, которого так прозвали за смуглую кожу в области живота или за то, что в жаркой работе (например, в кузнице или у печи) он постоянно ходил с открытым, вымазанным сажей животом. В украинской и южнорусской традиции прозвища по цвету кожи или волос были распространены: Черноус, Чернобров, Черногуз.

Суффикс «-енко» — типичный украинский фамильный патроним. Он указывает на происхождение: «сын Черного пупа» или, точнее, «потомок человека по прозвищу Чернопуп». Такая модель (основа + -енко) господствовала на Левобережной Украине и в Слобожанщине, поэтому родина фамилии — скорее всего, Полтавская, Черниговская, Харьковская или Сумская области. Это не дворянская фамилия, а крестьянская или казацкая: прозвище могли дать запорожскому казаку или простому селянину.

Интересно, что фамилия Чернопупенко — редкая. В отличие от массовых Черненко или Чернявский, она сохранила «прозрачную» и даже немного грубоватую основу, которую в более поздние времена могли бы «причесать» или заменить на более благозвучную. Её сохранение говорит о том, что предки носителей либо жили в глухих местах, где фамилии закреплялись стихийно, либо не стеснялись своего прозвища.

Встречаются и варианты написания — Чернопупенко, Чернопупенко (с ударением на второе «е»). Ударение в таких фамилиях обычно падает на предпоследний слог, как и в большинстве фамилий на -енко. Других версий происхождения, кроме прозвищной, у этой фамилии нет — слишком очевидна её внутренняя форма.