Фамилия Черняковская принадлежит к обширной группе русских, украинских, польских и еврейских фамилий, образованных по модели притяжательного прилагательного с суффиксом -ск-/-цк-. Эта модель указывает на происхождение от географического названия — села, местечка или усадьбы. Основа здесь — топоним Черняково или Черняковка. Таких поселений в исторической России, Беларуси и на Украине десятки, и все они, в свою очередь, получили имя от прозвища или нецерковного имени первого поселенца — Черняк.

Корень «черн-» в данном случае не означает обязательно чёрный цвет кожи или волос. В древнерусской антропонимии Черняком называли человека с тёмными волосами, смуглого, либо того, кто занимался чёрной, то есть грубой, неквалифицированной работой (чернорабочий). Однако есть и другая, не менее правдоподобная версия: Черняк — это уменьшительно-ласкательная форма от крестильного имени Чернец (в миру — монах) или от имени Чернислав, бытовавшего в западнорусских землях. В любом случае, прозвище было широко распространено, и от него пошли фамилии Черняков, Черняк, Чернякин, а также патронимическая Черняковский — «сын Черняка». Женская форма Черняковская — это либо жена Черняковского, либо дочь, либо, что чаще, прямая фамилия для женщины по той же топонимической модели.

Интересная особенность фамилии — её двойная суффиксальная цепочка: -як- + -ов- + -ск-. Если бы фамилия образовалась напрямую от названия деревни Черняково, мы бы получили Черняковский (что тоже существует). Форма Черняковская с ударением на втором слоге («Черняко́вская») чаще встречается у польской шляхты и украинской старшины, где суффикс -ов- служил посредником между корнем и топонимическим -ск-. В польском языке фамилия звучала бы как Czerniakowska — и это указывает на возможное происхождение носителей из бывших земель Речи Посполитой (Волынь, Подолье, Гродненщина).

Сословно фамилия не была однозначно дворянской. Многие Черняковские — бывшие крестьяне, получившие фамилию при освобождении по названию родного села, или мещане. Однако в Российской империи существовали и потомственные дворяне Черняковские, внесённые в родословные книги Виленской, Минской и Киевской губерний. Их герб обычно содержал элемент «Черняк» — изображение чёрного ворона или головы мавра, что прямо отсылало к значению фамилии.

В современном бытовании фамилия встречается по всей России и Украине, но её ядро — западные области Украины, Беларусь и южные регионы России (Кубань, Ростовская область), куда она попала с переселенцами. Вариант написания с двумя «к» — Черняковская — единственно верный для данной модели (от Черняк, а не от Чернякко).