Фамилия Чернышовуа — редкий случай, когда русская основа сочетается с нерусским суффиксом. Перед нами не привычное окончание -ов, а французский суффикс -уа (-ois), который в русском языке встречается в единичных фамилиях дворянского происхождения. Такая модель образования указывает на то, что фамилию могли получить в результате «офранцуживания» русской фамилии — либо при эмиграции, либо при поступлении на службу в среду, где ценилось галльское звучание.

Основа фамилии — прозвище Черныш. В русской ономастике так называли человека с тёмными волосами, смуглой кожей или просто некоего «чёрного» по характеру или роду занятий. Слово «черныш» в диалектах означало и чёрного лесного зверя (например, куницу), и человека, занимающегося чёрной работой. Суффикс -ов в исходной фамилии Чернышов указывал на принадлежность потомку Черныша: «сын Черныша». Но здесь этот суффикс заменён на -уа, что меняет всю историю.

Вероятнее всего, фамилия Чернышовуа возникла в среде русских дворян, которые после реформ Петра I или в XIX веке стремились придать своим фамилиям европейское звучание. Известны аналогичные примеры: Романовуа, Ивановуа, Кутузовуа. Такие фамилии встречались в основном среди обрусевших французов или русских, получивших образование за границей и желавших подчеркнуть свой статус. Однако не исключён и более прозаичный вариант: фамилия могла быть записана так при переписи в результате ошибки или намеренного искажения писцом, знакомым с французским языком.

География фамилии крайне узкая. Чернышовуа — не массовая фамилия, её носители единичны. Встречается она преимущественно в центральной России и в среде потомков эмигрантов первой волны. Поскольку фамилия не попала в основные ономастические словари (Унбегауна, Никонова), её происхождение остаётся областью гипотез. Наиболее правдоподобной выглядит версия о дворянском или псевдодворянском происхождении: фамилия появилась как стилизация под французскую аристократию, а не как результат естественного языкового развития.