Фамилия Чибоченко — редкий пример украинской фамилии, образованной от прозвища, которое, скорее всего, связано с диалектным словом «чиб» или «чибок». В украинских говорах так называли чибиса — птицу из семейства ржанковых, известную также как пигалица. Прозвище Чибок или Чиба могли дать человеку за внешнее сходство с этой птицей (например, за длинные ноги, сутулость или манеру быстро перебирать ногами), за пронзительный голос или за беспокойный, крикливый характер. В некоторых регионах «чибом» называли и болотного кулика, что только усиливает природную, «птичью» основу фамилии.

Суффикс -енко — типичный для восточной Украины патронимический формант, который означает «сын» или «потомок». Таким образом, Чибоченко — это «сын Чибака» или «сын Чиба». Промежуточная форма Чибок превратилась в Чибоченко через добавление суффикса -енко к основе Чибок-, при этом гласная «о» в корне могла чередоваться или просто закрепиться в написании. Фонетически фамилия могла звучать и как Чибокенко, но закрепился именно вариант с «о» в корне, что характерно для многих украинских фамилий, где ударение падает на второй слог.

Интересно, что фамилия Чибоченко почти не встречается в центральных и западных областях Украины. Основной ареал её бытования — юго-восток, в частности Запорожская и Днепропетровская области, а также прилегающие районы России (Ростовская область, Краснодарский край). Это указывает на то, что носители фамилии происходят из среды запорожских казаков или крестьян, которые переселялись на свободные земли в XVIII–XIX веках. Птица чибис — обитатель степей и пойменных лугов, что тоже косвенно связывает прозвище с южным ландшафтом.

В отличие от многих фамилий на -енко, которые образованы от крестильных имён (Иван — Иванченко, Петр — Петренко), Чибоченко стоит в ряду прозвищных фамилий, где исходное слово не имя, а характеристика. Это сближает её с такими фамилиями, как Горобченко (от «горобець» — воробей) или Щученко (от «щука»). Спорных версий происхождения у этой фамилии практически нет — корень «чиб» прозрачен, альтернативные тюркские или румынские объяснения выглядят натянутыми и не подкреплены географией фамилии.