Фамилия Чикагоян — редкий случай, когда географическое название в основе не указывает на происхождение из соответствующего места, а почти наверняка является прозвищем. Вопреки первому впечатлению, фамилия не имеет отношения к американскому Чикаго. Это армянская фамилия, образованная по продуктивной модели с суффиксом -ян (патронимический суффикс, означающий «из рода», «сын такого-то»). Корень здесь — «чикаг» — скорее всего, искажённое или адаптированное прозвище.

Вероятнее всего, основой послужило тюркское или арабское слово «чикаг» (или близкое к нему «чиккан»), которое в разных диалектах могло означать «выросший», «исходящий», «происходящий». В контексте прозвища это могло относиться к человеку, который «выбился в люди», был выходцем из низов или, наоборот, отличался неким качеством, заставлявшим говорить о нём как о «вышедшем откуда-то». Менее вероятно, но возможно, что это вариант прозвища от тюркского «чик» (грань, край, предел) — тогда Чикагояном могли назвать человека, жившего на границе общины или отличавшегося резкостью характера.

Армянский суффикс -ян указывает на то, что фамилия сформировалась в среде, где армянский язык был основным, но прозвище было заимствовано из языка соседей или завоевателей (тюркских народов). Это типично для фамилий, возникших в Османской империи или Закавказье в XIX веке, когда армяне нередко получали прозвища на основе турецких или курдских слов. Фамилия Чикагоян — не единичный курьёз; существуют и другие армянские фамилии с корнями, которые кажутся «американскими» или «европейскими», но на деле являются местными прозвищами (например, Американц, Франциян). В данном случае случайное совпадение с названием города Чикаго создало ложную, но забавную ассоциацию. На деле носитель фамилии Чикагоян, скорее всего, потомок человека, которого в его деревне прозвали «Чикаг» за какую-то приметную черту, и это прозвище закрепилось как фамилия.