Фамилия Чиколкина — женская форма фамилии Чиколкин, и её происхождение напрямую связано с прозвищем или нецерковным именем Чиколка. Чтобы понять корень, нужно заглянуть в народную речь: в русских говорах «чиколка» — это щиколотка, лодыжка. Слово звукоподражательное, от «чики-чики» (стук, цоканье) или от тюркских заимствований, но в быту оно закрепилось именно за частью ноги.

Прозвище Чиколка могли дать человеку по нескольким причинам. Самая прямая — по физической особенности: например, кто-то прихрамывал или имел заметную, толстую щиколотку. В крестьянской среде подобные прозвища давали без злого умысла, просто для узнавания. Другой вариант — профессиональный: «чиколкой» иногда называли сапожный инструмент или деталь обуви, так что предок мог быть сапожником или мастером, который шил голенища. Третья, менее вероятная, но возможная версия — от глагола «чикать» (резать, стричь), тогда Чиколка — тот, кто чикает, например, портной или бондарь.

Фамилия образована по типичной русской модели: основа Чиколк- плюс суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — Чиколкин, то есть сын или потомок Чиколки). Суффикс -ин характерен для фамилий, образованных от слов женского рода или от прозвищ, оканчивающихся на -а/-я. В данном случае Чиколка — прозвище мужчины, но с окончанием -а, поэтому и пошёл -ин, а не -ов.

Географически фамилия редкая, её очаги, скорее всего, находятся в центральных и северных областях России, где слово «чиколка» бытовало в диалектах. В официальных списках дворянских родов Чиколкины не значатся — это фамилия крестьянского или мещанского происхождения. В документах XIX века её могли записывать по-разному: Чиколкин, Чеколкин, Чикалкин, что связано с аканьем и разницей в произношении.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Чикалкин, Чикунов, Чиколин — показывает, что все они отходят от одного звукового гнезда «чик-/чок-», но Чиколкина стоит особняком из-за прямой анатомической привязки. В отличие от, скажем, фамилии Лодыжкин (тоже от части ноги), Чиколкина сохранила более редкое диалектное слово, что делает её ценным маркером для историка языка.